中科院钱文峰团队揭示：新冠Omicron毒株曾经历豚鼠体内进化

2021年11月24日，一种新冠菌株的新型表征菌株性——奥密克戎（Omicron）在尼日利亚等地被报道。仅仅两天，该菌株性就被世界卫生组织判定为“需相对于注意的表征株”（variant of concern, VOC）。截至2021年12月16日，全球89个国家和海地区现在见到病菌奥密克戎菌株性的确诊登革热，且该菌株性的传染病速度明显快于德尔塔（Delta）菌株性。

与其它需相对于注意的表征株（Alpha、Beta、Gamma和Delta）并不相同，奥密克戎菌株性出现时载有大量鲜有报道的稀有特异性。科研人员在新冠菌株表征株的数据库之前未见到其“近亲”，因此奥密克戎菌株性的举例来说引起了科研界广泛注意。

现在有关奥密克戎菌株性的举例来说分别为三种主流论据：第一种论据认为，奥密克戎菌株性在某一未应有进行核酸检测和测序的海地区仍然“无法无天”扩散，导致其被见到时已积累较多特异性。第二种论据则认为，奥密克戎菌株性不太可能是在某位免疫缺陷病患者（例如仍然接纳化疗病患者或艾滋病患者等）体内经历仍然演化，因此区别于大量稀有特异性。第三种论据则认为，奥密克戎菌株性的“祖先”不太可能从人类所“漏出”到其它动物，在该表型物质内演化一段时间后回传人类所，因此区别于大量年轻人之前稀有特异性。

2021年12月24日，之前国科学院表型与受精生物学研究院分钱文峰教授制作团队在 Journal of Genetics and Genomics 离线发表了题为：Evidence for a mouse origin of the SARS-CoV-2 Omicron variant 的研究博士论文。

该研究揭示奥密克戎菌株性的扩散种系统极有不太可能是从人类所扩散到八哥并经过仍然演化后回传来人类所。

该研究首先对奥密克戎菌株性的基因组开展演化分析，鉴定了奥密克戎菌株性祖先序列上发生的45个特异性。在此为基础，用作特异性取样（即12种并不相同碱基特异性类型的相对数量）追溯菌株细胞内的方式，见到奥密克戎菌株性的特异性取样与肝细胞（以外免疫缺陷病患者）演化的新冠菌株消除的特异性取样实际上突出差异性。令人无意间的是，奥密克戎菌株性的特异性取样与雀冠状菌株（murine hepatitis viruses）的特异性取样相对于类似，表明奥密克戎菌株性不太可能曾在八哥之前仍然演化。

如果奥密克戎菌株性确实曾在八哥体内仍然演化，那么奥密克戎菌株性基因组上就都会消除能够适应在八哥之前扩散的特异性。依据这一思路，该研究检测了奥密克戎菌株性在能决定细胞内病菌全域的刺突细胞内上发生的特异性，通过与18种灵长类（例如水貂、白尾鹿）之前分离的新冠菌株序列进行比较，见到这些特异性与八哥之前分离得到的新冠菌株特异性相交持续性最低。

该研究进一步将刺突细胞内酶为基础域与32种灵长类的酶细胞内进行分子对接，见到奥密克戎菌株性载有的特异性对提升八哥酶细胞内的亲和甚为突出。

奥密克戎菌株性菌株基因组和细胞内亲和分析，A：奥密克戎菌株性的特异性取样与雀冠状菌株的特异性取样类似，与年轻人之前演化的冠状菌株实际上突出差异性（球状显示95%概率分布）；B：奥密克戎菌株性刺突细胞内上的特异性（紫色标记）富集于其刺突细胞内酶为基础域（RBD）与细胞酶 （ACE2）作用力的界面；C：与病患者之前分离的新冠菌株相比，奥密克戎菌株性RBD与八哥ACE2细胞内亲和突出飙升。

根据以上结果推测，奥密克戎菌株性的祖先约略于2020年之前期由人传来八哥，在八哥之前经历一年多的演化，于2021年底回传人类所。该扩散种系统的见到为未来新冠疫情防控策略提供者造物主。

之前国科学院表型与受精生物学研究院硕士魏昌硕、单科家和王炜光为该博士论文一同第一作者，张姝雅为一同作者，郇庆副教授和分钱文峰教授为一同通讯作者。相关工作得到科研人员的资助。

博士论文链接：

举例来说：JGG

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