《科学》：最新全基因组研究，上半年解码体细胞突变与癌症的那些事儿！

位基因，可有如在膀胱恶性、中风、头颈恶性、高血压、肝恶性、以及甲状腺恶性中所辨认出的毗邻 TERT 转录上的等位基因被忽视是涡轮等位基因，因为 TERT 参与核苷酸基因理解。

然而与字节七区和基因理解七区不尽相同的是，秘密组织抗体等位基因意外事件则基本上与恶性症基因核酸无关，集中研究职员辨认出这些等位基因意外事件具体的基因核酸大多是持久维持正故常秘密组织弗定结构上性的基因核酸，可有如 KLK3 ，这是一个子宫颈弗相类理解的基因核酸，称之为子宫颈抗体肝细胞，是子宫颈恶性变的遥相呼应。

至于属于其他这一类的等位基因意外事件，其中所许多都是功能性尚不具体的。可有如集中研究职员在乳恶性、膀胱恶性、食管恶性、高血压以及肝恶性中所的 NEAT1 和 NEAT2 不远处辨认出的等位基因意外事件，他们心里似乎不具备基因理解这两个基因核酸的功能性，但是PCA中所忽视这些个体差相类似乎只是核苷酸具体等位基因操作过程所致了的，甚至有其他的集中研究忽视这些个体差相类是与接收机自营有关。

四类等位基因意外事件在恶性症基因核酸上的掺入情况

他们转化核糖三维结构以及表改进型组学资料，辨认出等位基因意外事件掺入于（i）不存在于秘密组织但在正故常秘密组织中所不不存在的ATAC-seq接收机山麓；（ii）与最近表改进型有关的ATAC-seq接收机山麓；（iii）与表改进型成负具体的甲基化标记；（iv）GWAS接收机。

但是如果将等位基因意外事件的探查七周边限定在这些接收机不远处，那么没多久但会被盗掉许多原先可以被正确性到的等位基因意外事件，甚至包括一些和恶性症基因核酸具体的等位基因意外事件也但会被盗。这在一定素质上证明 正因如此基因核酸组正因如此域的正确性作法是可以探查到格外多有效的等位基因意外事件的。

但正因如此，这项集中研究的作法在不尽相同恶性改进型间的表现相比较较大的差相类，这远大于样本总量和恶性症本身的背景等位基因率，这些诱因但会直接影响统计资料学作法的统计资料力。同时集中研究职员忽视值得注意的诱因仍然是S资料总量引人注意不足 （与恶性症WES资料远比），因此似乎还有一些非字节七区等位基因意外事件从未被辨认出。

然后集中研究职员开始对两种非字节七区等位基因意外事件——基因理解七区等位基因意外事件和秘密组织抗体等位基因意外事件进到行集中的弗征集中研究。

首先是秘密组织抗体等位基因意外事件，集中研究职员辨认出这些等位基因意外事件中所插入和删除个体差相类（indel）的比可有极高，并且这些indel个体差相类比基因核酸组其他七周边的indel较短，还倾向于显现出在富含A/T的核酸环境中所，同时它们的等位基因率与具体基因核酸的理解总量成正具体，而在基因核酸组的其他七周边是负具体。

与基因核酸组其他七周边的等位基因意外事件远比，秘密组织抗体基因核酸不远处的等位基因意外事件indel个体差相类比可有极高（左）；其中所的indel个体差相类宽度较短（右侧）

秘密组织抗体等位基因意外事件也并一定但会显现出在所有秘密组织抗体基因核酸不远处，大多恶性症的发病秘密组织都有超过100个秘密组织抗体基因核酸，但却只有5个甚至格外少的秘密组织抗体等位基因事 件，而且不尽相同恶性改进型间也相比较很大的差相类。

同一时间文提到显现出秘密组织抗体等位基因意外事件的基因核酸大都不是恶性症具体基因核酸，而是一些与弗定秘密组织结构上性有关的基因核酸，通过转化其他集中研究的单细胞内理解资料，集中研究职员辨认出 这些秘密组织抗体基因核酸在同一秘密组织实质上不尽相同并不一定细胞内间不存在差相类理解，透过这一点可以对突变内的缺少进到行溯源。

透过单细胞内理解资料可以辨认出肝脏中所秘密组织抗体基因核酸在肝脏和内膜中所不存在差相类理解

比如集中研究职员辨认出在肝脏中所，所有秘密组织抗体等位基因意外事件具体的基因核酸都在小肠细胞内中所理解，而不具备这些基因核酸的秘密组织抗体等位基因意外事件的透明细胞内状肝细胞内恶性就是缺少于小肠细胞内，这似乎有助于恶性症诊断。

最后集中研究职员集中研究了基因理解七区等位基因意外事件对核苷酸表征转化、表改进型、基因核酸互作、病人预后的直接影响。

他们转化JASPAR文档辨认出 有15.1%（11/73）的基因理解七区等位基因意外事件所致了核苷酸表征转化motif的忽略，其中所81.8%（9/11）的等位基因意外事件毗邻 TERT 转录七周边的 ELK4 转化motif （所致转化亚基多出一个）以及 BTG3 和 STAG1 （两个基因核酸都不具备抑制恶性增殖功能性）转录七周边的 EGR1 转化motif （移出除了转化亚基）。

由于集中研究基因理解七区个体差相类对表改进型的直接影响需要一个样本同时有RNA和DNA的资料，因此集中研究职员只评核了12种恶性改进型中所基因理解七区个体差相类对表改进型的直接影响。鉴于拷贝数个体差相类、甲基化等也但会直接影响表改进型，在去除这些诱因的干扰后来，集中研究职员合计辨认出7个基因理解七区等位基因意外事件但会使得带上和不带上的病人的表改进型总量不存在差相类。

许多基因理解七区等位基因意外事件所区别的基因核酸是和恶性症涡轮基因核酸有这样一来这样一来生物学互作关系的，断定它们似乎牵涉相同的遗传学自营。这在病人的猎食集中研究中所也大大体现， 集中研究职员比起了带上和不带上基因理解七区等位基因意外事件的病人的猎食期差相类，辨认出了许多的差相类接收机，可有如甲状腺恶性和中风中所 TERT 具体的基因理解七区个体差相类（p=0.00003）、高血压中所 ARRDC3 具体的基因理解七区个体差相类（p=0.04）。

再次，由于许多的基因理解七区个体差相类未必毗邻像转录这样的经典作品基因理解七区，于是集中研究职员没多久想发觉这些个体差相类有否但会对离它们最近的基因核酸的理解总量所致直接影响，但由于不足相匹配的理解资料，他们实质上设计了两个实验来正确性。

他们选定 XBP1 作为可有子，这是一个和乳恶性有关的基因核酸，有集中研究美联社 XBP1 参与睾酮蛋白接收机转导[10,11]，而集中研究职员在他们的资料中所辨认出 XBP1 不远处的个体差相类未必毗邻转录上。并且与睾酮蛋白阴性的乳恶性样本远比，白血病样本中所 XBP1 不远处的ATAC-seq接收机格外多，这断定在睾酮蛋白白血病乳恶性中所， XBP1 不远处的基因理解七区有较强活性。

因此，集中研究职员透过CRISPR和流式细胞内以及荧光杂交技术，实质上设计了2923条sgRNA，在乳恶性突变内中所辨认出了5个 XBP1 不远处的基因理解七区，其中所4个毗邻 XBP1 沿河，1个毗邻 XBP1 河口，这断定 一些不具备基因理解依赖性的个体差相类是有似乎显现出在经典作品基因理解七区以外的。

透过CRISPR辨认出了 XBP1 不远处有5个基因理解七区

接着他们将 XBP1 不远处10个个体差相类周边193bp的核酸克隆转导进到位点中所，然后在乳恶性突变内中所透过荧光素酶报告实验正确性这些个体差相类对表改进型的直接影响。与转导了不带上等位基因核酸的细胞内远比，有5个个体差相类非常大增大了荧光素酶的活性（p<0.05），还有三个增大了1.5倍。

这个结果与PCA和CCLE两个集中研究中所的结果是明确的，断定 XBP1 不远处的基因理解七区个体差相类能增大XBP1的理解总量。

这项集中研究实质上设计了一套可用做正因如此基因核酸组正因如此域等位基因意外事件正确性的统计资料学作法，实现了在非字节七区假定等位基因意外事件，克服了即使如此由于非字节七区繁复的电子元件组合而成的难于，并且透过包括19种恶性改进型3949可有病人的S资料建立联系了一个泛恶性正因如此基因核酸组生殖细胞内等位基因意外事件书目。

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